Hrvatski institut za povijest slijednik je Instituta za historiju radničkog pokreta Hrvatske i Instituta za suvremenu povijest. Institut za historiju radničkog pokreta Hrvatske osnovan je 1961., a pod imenom Instituta za suvremenu povijest djelovao je od 1990. do 1996. godine, kada  je potreba za sveobuhvatnijim istraživanjem i razumijevanjem hrvatske povijesti urodila novim nazivom. Hrvatski institut za povijest od tada pokriva povijest u razdoblju od ranog srednjeg vijeka do najnovije povijesti.

Hrvatski institut za povijest organizacijski je sastavljen od pet odjela:
I. Odjel srednjovjekovne povijesti hrvatskog naroda,
II. Odjel novovjekovne povijesti,
III. Odjel povijesti 19. stoljeća,
IV. Odjel suvremene povijesti,

V. Odjel latinističke historiografije,
VI. Odjel Podružnice u Slavonskom Brodu za proučavanje povijesti na području Slavonije, Srijema i Baranje.

Istraživanja se odvijaju u sklopu znanstvenih projekata koje financira Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa Republike Hrvatske. U novom ciklusu, koji je započeo početkom 2007. godine, istraživanja se izvode unutar 12 projekata. Pojedini istraživači uključeni su u rad drugih domaćih i inozemnih projekata, a dio sudjeluje u izvođenju nastave na različitim sveučilištima.

Od 1990-ih godina u Hrvatskom institutu za povijest posvećena je velika pozornost primanju znanstvenih novaka i njihovom usavršavanju. Do danas je magistriralo i doktoriralo više od pedeset znanstvenih novaka koji imaju važnu ulogu u hrvatskoj historiografiji.

Rezultati istraživanja najvidljiviji su u izdavačkoj djelatnosti. U razdoblju od 1994. do kraja 2007. objavljeno je 93 znanstvenih knjiga i monografija, s naslovima koji pokrivaju spomenuta razdoblja. Uz to, Hrvatski institut za povijest objavljuje tri časopisa: Časopis za suvremenu povijest, Povijesne priloge i Review of Croatian History. Prva dva imaju dugu tradiciju i pripadaju u red najuglednijih časopisa koji se bave hrvatskom poviješću, dok je zadaća trećeg da inozemnom čitateljstvu predstavi važnije teme iz suvremene hrvatske historiografije.

Prostorije Hrvatskog instituta za povijest nalaze se u Opatičkoj 10. Riječ je o jedinstvenoj zgradi, smještenoj na Gornjem gradu, bogate povijesti i vrijednosti, koju krase Zlatna dvorana, Pompejanska dvorana i Renesansna soba. Prostorije služe za održavanje znanstvenih skupova i koncerata ozbiljne glazbe.