Djelatnici Hrvatskog instituta za povijest trenutno rade na šest (6) znanstveno-istraživačkih projekta koje financira Hrvatska zaklada za znanost:
- Europski korijeni moderne Hrvatske: transfer ideja na političkom i kulturnom polju u 18. i 19. stoljeću – EuKor (IP-2018-01-2539)
- Rat, žrtve, nasilje i granice slobode u hrvatskoj povijesti 20. stoljeća – WarVic (IP-2019-04-6673)
- Topografija vlasti: istočnojadranski gradovi u srednjovjekovnim prostorima vlasti – TOPOS (IP-2019-04-2055)
- Mapiranje parlamentarnih izbora 1848. – 1918. u Hrvatskoj – MAPPAR (IP-2019-04-5148)
- Moderne europske diplomacije i istočnojadranski prostor – MEDEA (IP-2019-04-7244)
- S(c)lavnoni(j)a: ime, opseg i granični položaj u srednjem i ranom novom vijeku - SLAVNCOF (IP-2020-02-3333)
Okončani HRZZ projekti koji su se izvodili na Hrvatskom institutu za povijest:
- Od protomodernizacije do modernizacije školstva u Hrvatskoj (18. i 19. stoljeće) (UIP-4919) - projekt okončan 28. veljače 2018.
- Hrvatska u 20. stoljeću: modernizacija u uvjetima pluralizma i monizma (IP-11-2013-3481) - projekt okončan 30. lipnja 2018.
- Gradovi hrvatskog srednjovjekovlja: Urbane elite i urbani prostor URBES (IP-2014-09-7235) – projekt okončan 15. rujna 2019.
- Od prašuma do oranica: povijest antropizacije šuma u Slavoniji od srednjeg vijeka do početka 20. stoljeća (IP-2014-09-6719) - projekt okončan 31. svibnja 2019.
- Vojnički život i slike ratnika u hrvatskom pograničju od 16. st. do 1918. (IP-2014-09-3675) – projekt okončan 31. svibnja 2019.
- Modernizacija urbanog života u Hrvatskoj kroz prizmu razvoja komunalne infrastrukture u 19. i 20. stoljeću (IP-2016-06-2015) - projekt okončan 31. srpnja 2021.
Svi ovi projekti istovremeno su i dio Strateškog plana znanstvenih istraživanja Hrvatskog instituta za povijest 2013.-2018. i Strateškog plana Hrvatskog instituta za povijest 2019.-2023.