Temeljem odredbi Kolektivnog ugovora za znanost i visoko obrazovanje i sustava Programskog financiranja u listopadu 2019. u skladu sa Strateškim planom Hrvatskog instituta za povijest za razdoblje 2019.-2023. pokrenuti su interni znanstveno-istraživački projekti (odobreni na sjednici Znanstvenog vijeća 23. srpnja 2019.)
| Naziv projekta | Voditelj/ica projekta | Suradnici na projektu |
| Problematske teme i gradivo za društvenu i vojnu povijest istočnoga Jadrana u ranom novom vijeku | Lovorka Čoralić | Filip Novosel |
| Korespondencija fra Bone Perišića | Rudolf Bariišić | – |
| Razvoj turizma i prometa na hrvatskom dijelu primorja prve jugoslavenske države (1919-1941) | Zdravka Jelaska Marijan | – |
| Fenomen dubrovačkih Srba katolika u svjetlu korespondencije njegovih istaknutih predstavnik | Zoran Grijak | Zlatko Kudelić |
| Izvori za povijest Slavonije, Srijema i Baranje od srednjeg vijeka do 20. stoljeća | Suzana Leček | Marija Karbić, Milan Vrbanus, Stanko Andrić, Ivan Milec, Marko Vukičević (od 2021.) |
| Kultura, sport i znanost u socijalističkoj Hrvatskoj i Jugoslaviji (okončan 31. prosinca 2022.) | Albert Bing | Davor Kovačić |
| Hrvatsko istočno pograničje pred izazovom ratova i migracija od Mira u Srijemskim Karlovcima do Domovinskog rata | Mario Jareb | Robert Skenderović, Darijan Godić |
| Hrvatska u diplomatskim izvješćima Sjedinjenih Američkih Država 1929.-1941. | Hrvoje Čapo | Mario Jareb |
| Johannis Bononiensis, Liber de vino (okončan 31. prosinca 2022.) | Ante Škegro | – |
| Odabrane teme iz političke povijesti (1890.-1929.): stranke, osobe, događaji | Stjepan Matković | Mato Artuković (do prosinca 2020.), Zlatko Matijević (do prosinca 2021.) |
| Povjesnice postrojbi specijalne policije PU karlovačke i PU dubrovačko-neretvanske u Domovinskom ratu 1991-1995. godine | Jakša Raguž | Darjan Godić, Domagoj Knežević (od 2023.) |
Temeljem odredbi Kolektivnog ugovora za znanost i visoko obrazovanje i sustava Programskog financiranja u siječnju 2021. u skladu sa Strateškim planom Hrvatskog instituta za povijest za razdoblje 2019.-2023. pokrenuti su interni znanstveno-istraživački projekti (odobreni na sjednici Znanstvenog vijeća 10. prosinca 2020.)
| Naziv projekta | Voditelj/ica projekta | Suradnici na projektu |
| “Alternativne kulture” i “sive zone” hrvatskog/jugoslavenskog kasnog socijalizma: studije slučaja | Marko Zubak | – |
| Gastarbajterska usmena povijest | Josip Mihaljević | Stipe Kljaić |
| Hrvatska u kontekstu kultruno-političkih utjecaja Rusije na Balkanu | Zdravka Zlodi | – |
| Digitalizacija Dnevnika i Stenografskih zapisnika Hrvatskog sabora | Gordan Ravančić | – |
| Opis Severinske županije i Banske krajine na vojnim kartama 18. i 19. stoljeća | Alexander Buczynski | Vedran Klaužer, Juraj Balić |
Temeljem odredbi Kolektivnog ugovora za znanost i visoko obrazovanje i sustava Programskog financiranja u siječnju 2023. u skladu sa Strateškim planom Hrvatskog instituta za povijest za razdoblje 2019.-2023. pokrenuti su interni znanstveno-istraživački projekti (odobreni na sjednici Znanstvenog vijeća 30. ožujka 2023.)
| Naziv projekta | Voditelj/ica projekta | Suradnici na projektu |
| Demographia Croatica rustica | Ante Škegro | – |
| Hrvatski sport u 20. stoljeću | Davor Kovačić | Marko Vukičević |